医学基础论文提纲

论文题目：冠心病痰瘀互结证分子网络机制探究

摘要：研究目的探究冠心病痰瘀互结证分子网络机制。材料与方法第一步,整合CADgene数据库、Pubmed文献、孟德尔人类遗传数据库（the Online Mendelian Inheritance in Man database,OMIM）、GWAS 数据库（Genome-Wide Association Study,GWAS）共4类不同来源的冠心病的疾病-基因关系。第二步,将冠心病相关基因映射到STRING V9.1蛋白质相互作用网络（Protein-Protein Interaction,PPI）,根据富集情况确定冠心病疾病相关分子网络模块（疾病模块）。第三步,将人类症状-疾病网络（Human Symptoms-Disease Network,HSDN）得到的冠心病痰瘀互结证症状-基因关系投射到疾病模块,根据富集情况确定冠心病痰瘀互结证相关分子网络模块（证候模块）。从三个方面对证候模块进行初步验证:①已知的活血或化痰方-药物-有效成分-靶点关系（数据库Herb Ingredients’Targets,HIT）。选择丹参饮和桃红四物汤（冠心病活血方）、瓜萎薤白半夏汤和黄连温胆汤（冠心病化痰方）4首经方作为方证相应反佐。②已知的冠心病西药-靶点关系（Therapeutic Target Database,TTD和DrugBank数据库）。③表型-基因关系（Human Phenotype Ontology,HPO）第四步,将文献综述中报道的冠心病痰瘀互结证相关指标对应基因投射到证候模块,并计算文献报道相关指标在证候模块中所处的位置。文献报道的相关指标与证候模块重合的基因及其在证候模块直接连接的其他基因（即First Neighbors,最近的邻居节点）构成冠心病痰瘀互结证相关分子网络。第五步,利用横断面、对照、小样本、配对研究设计,采用临床样本表达谱测序（RNA测序）。同时进行分组比较分析和相关性分析确定冠心病痰瘀互结证相关基因。第六步,文献报道、分子网络数据挖掘与临床研究相互佐证,数据挖掘和临床研究分别得到的相关基因共同显著相关的通路与冠心病痰瘀互结证密切相关。研究结果（1）共得到1056个冠心病疾病相关基因形成的基因集。（2）共得到8个冠心病相关疾病模块（Module 195,204,95,203,194,212,59,146）。（3）共得到2个证候模块（Module195,95）。初步验证结果显示:Module 95中出现19个活血方-药物-有效成分-靶点,15个化痰方-药物-有效成分-靶点,7个冠心病西药-靶点,3对症状-基因关系。Module 195中出现3个活血方-药物-有效成分-靶点,1个化痰方-药物-有效成分-靶点,4个冠心病西药-靶点,未发现症状-基因关系。（4）得到2个与冠心病痰瘀互结证密切相关的分子网络。其中Module 95包含文献综述报道8个相关基因,Module 95中与这8个基因直接相连节点组成冠心病痰瘀互结证分子网络A。Module 195包含文献报道的1个基因,Module 195中与这1个基因直接相连节点组成冠心病痰瘀互结证分子子网络B。（5）冠心病痰瘀互结证横断面、小样本、配对、对照临床研究,纳入健康对照组9例,疾病组为21例（冠心病痰瘀互结证8例、冠心病痰湿非血瘀证11例、冠心病非痰非瘀证为2例）。经分组比较分析和相关性分析,共得到118个冠心病痰瘀互结证相关基因。（6）数据挖掘和临床研究相互佐证结果显示:冠心病痰瘀互结证显著相关的通路为 Leukocyte Extravasation Signaling,TIMP-3、MMP-8、MMP-9 可能发挥了关键作用。研究结论本文通过数据挖掘及临床验证,发现冠心病痰瘀互结证与Leukocyte Extravasation Signaling 通路密切相关,其中 MMP-8、MMP-9/TIMP-3 可能发挥了关键作用。进一步分析其功能,提示冠心病痰瘀互结证与炎症反应密切相关。

关键词：冠心病;痰瘀互结证;网络医学;生物学基础;炎症反应;系统生物学

学科专业：中西医结合临床

中文摘要

Abstract

英文缩略词表

文献综述 近十年冠心病痰瘀互结证生物学基础研究进展

前言

第一部分 冠心病痰瘀互结证相关分子网络发现

1. 引言

2. 材料与方法

2.1 冠心病疾病-基因关系

2.2 疾病模块

2.3 证候模块

2.4 证候模块可靠性初步验证

2.4.1 冠心病化痰/活血经典方-中药-有效成分-靶点关系

2.4.2 冠心病西药-靶点关系

2.4.3 表型-基因关系

2.5 冠心病痰瘀互结证相关分子网络

3. 结果

3.1 冠心病疾病-基因关系

3.2 疾病模块

3.3 证候模块

3.4 初步验证

3.4.1 冠心病化痰/活血经典方-中药-有效成分-靶点关系

3.4.2 冠心病西药-靶点关系

3.4.3 表型-基因关系

3.5 冠心病痰瘀互结证相关分子网络

第二部分 冠心病痰瘀互结证横断面、小样本、配对、对照临床研究

1. 材料与方法

1.1 研究设计

1.2 样本量

1.3 配对条件

1.4 诊断标准

1.4.1 冠心病西医疾病诊断标准

1.4.2 代谢综合征西医疾病诊断标准

1.4.3 中医辨证标准

1.5 纳排标准

1.5.1 纳入标准

1.5.2 排除标准

1.6 样本采集和检测

1.7 RNA测序

1.7.1 RNA抽提与纯化

1.7.2 RNA质检

1.7.3 测序实验

1.7.4 测序数据分析

1.8 统计分析

1.8.1 分组比较分析

1.8.2 相关性分析

1.8.3 分组比较和相关性分析比对

1.9 伦理审查

2. 结果

2.1 受试者基本情况

2.2 冠心病PCI手术及健康对照组确诊依据

2.3 RNA测序结果

2.3.1 文库质检

2.3.2 测序质控结果

2.3.3 测序序列质量评估

2.3.4 数据预处理

2.3.5 基因组比对

2.3.6 饱合度分析

2.3.7 基因水平表达定量

2.4 分组分析结果

2.5 相关性分析结果

2.6 分组比较和相关性分析结果比对

第三部分 数据挖掘和临床研究相互佐证

1. 相互佐证方法

2. 相互佐证结果

2.1 文献报道基因和分子网络基因的组间比较、相关性分析结果

2.2 数据挖掘结果与临床研究共同显著相关的通路

讨论与结论

参考文献

附录 近十年来冠心病痰瘀互结证生物学基础临床研究相关文献一览表

致谢